二次污染是指水源经自来水厂净化处理后，在输送到各家各户的过程中产生的污染。主要是一些水管老化出现的铁锈、泥沙、细菌、病毒等杂质和自来水厂氯制剂消毒后的副产物。二次污染的污染源主要有自来水管道、小区二次供水系统和水龙头。
1、自来水水体的自身污染
自来水水体的自身污染主要包括三个方面：自来水中微生物的污染、自来水中余氯的污染和自来水处理时水中残留絮凝剂的污染。
2、自来水输送过程中的管道污染
在自来水的输送过程中，不可避免会受到输送管道带来的二次污染。目前我国常用的自来水输送管道有钢筋混凝土管或水泥砂浆衬里的铸铁管及钢管等管材。使用年限长且无衬里的管道和涂沥青类物质内衬的管道，因为管道内壁发生腐蚀、结垢，容易导致水中铁、锰、铅、锌等金属物质和各种细菌、藻类、苯类、挥发性酚类指标的含量增大，以至于污染水质。
3、输水管道附属设施引发的污染
输水管网中，往往设计有控制阀门、泄水阀、消防栓等大量附属设备。这些附属设备由于长期置于地下或露天，经常会受到雨水或其他污水的侵蚀，导致设备极易损坏，引发管网失压。输水管网一旦失压，就容易将污水吸入管网，造成二次污染。
4、水箱、水池、水塔等二次供水设施的污染
现今我国城乡急速发展，部分城市和乡村的自来水厂建设跟不上城乡规模的扩大，但出于稳定供水和减少供水成本的需要，大批二次供水设施被建立起来，最为明显的就是为城市高层住户供水而设置的水箱。由于水箱容积过大，箱内贮水使用周期很长，往往不能及时清洗，一旦管理不妥当，就会造成建筑内部二次供水设施的二次污染。水池、水塔等二次供水设施也往往面临同样的问题。
5、供水卫生管理因素
自来水水质二次污染一定程度上是因为卫生管理不当造成的，主要体现在：生活饮用水卫生的相关管理与监督法规不够完善，现有法律法规的执行力度不够;供水卫生的相关监督管理机制不完善、不合理;供水设施管理不恰当，主要是二次加压供水系统的建设往往没有经过卫生管理部门审查，并且在交付使用后也缺乏专门性、经常性的维护。
6、其他外部因素
在当前城乡快速发展建设的大背景下，一些外部因素也可能导致自来水水体的二次污染。例如输水管道老化发生泄漏导致污染物混入输水管道;城区建设中的施工失误导致输水管道破损发生污染。像这样的外部因素，也是导致自来水受到二次污染的重要因素。
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